souyakuchan 詠唱(bot)機能まとめ

創薬アドベントカレンダー 2018 12 日目記事
#souyakuAC2018

souyakuchan_magic

今日はお馴染み、創薬ちゃんツイッターアカウントに実装されている構造式および立体分子構造の描画機能についておさらいがてら御紹介しておこう。

基本的な用法は次の３つだ。

SMILES 記法による構造式描画

@souyakuchan c1ccccc1 #smiles
IUPAC 名による構造式描画

@souyakuchan benzene #iupac
PDB ID による立体構造描画

@souyakuchan 1emb #pdb

創薬スクリーニングアッセイの費用感

創薬アドベントカレンダー 2018 10 日目記事
#souyakuAC2018

assay_and_screening

いわゆるハイスループットスクリーニング (HTS) を実施するには設備投資や大規模化合物ライブラリ管理も必要で、協業しない限りはアカデミアの中小ラボが自力で実施するのは難しい。一方、数百～数千化合物程度であれば、労力と最低限の機器（プレートリーダーなど）があれば一般的な研究費の範囲内で実施しうる。バーチャルスクリーニングによってある程度ヒットを濃縮できていれば、（標的の難易度にもよるが）ヒット化合物の取得までは可能であろう。
本記事では、具体例を見ながら創薬スクリーニングアッセイの費用感を簡単に紹介してみる。

これが今回の #創薬レイドバトルの標的、PD-1/PD-L1 複合体の立体構造だ。#souyakuRB2018 #ddraids #免疫チェックポイント #souyakuchan_magic https://t.co/VPcZbOcUmO
— 創薬ちゃん (@souyakuchan) 2018年10月8日

創薬レイドバトル 2018 腫瘍免疫回避機構討伐戦

Drug Discovery Raid Battle 2018 presented by souyakuchan @ Social Drug Discovery Project.
Assays will be conducted in collaboration with Namiki Shoji Co., Ltd. and Enamine Ltd.
schedule
事前参加登録フォーム（〆切: 2018 年 12 月 31 日）
化合物ライブラリ（SDF ファイル）
標的: PD-1/PD-L1 タンパク質–タンパク質間相互作用
※ 当記事は必要に応じて随時更新されます。

概要

近年がん治療において有効性が確立されつつある PD-1/PD-L1 免疫チェックポイント阻害剤は抗体医薬として実用化されているが、低分子化合物によっても実現できる可能性がある。そこで、PD-1/PD-L1 免疫チェックポイントシグナル伝達を阻害する低分子化合物を発見するために、誰でも参加自由な薬剤探索イベント 創薬レイドバトル を開催する。参加者は各自独自に候補化合物の絞り込みを行って運営 (@souyakuchan) に候補を提出し、運営はそれをアッセイし阻害活性を確認する。アッセイ後にヒット化合物の有無を発表し、もし有望なヒット化合物が得られていれば当該化合物提案者と共に薬剤としての開発を目指す。

背景

PD-1 (Programmed cell Death-1) は免疫グロブリンスーパーファミリーの一員であり、Ｔ細胞の プログラムされた細胞死 (programmed cell death) 現象に関わる遺伝子として同定された¹。その後の研究で PD-1 は、免疫応答を活性化するか抑制するかを決めるチェックポイント機構（免疫チェックポイント）を担う分子であることが明らかとなり、PD-1 のリガンドである PD-L1 を発現している細胞は自己として認識され免疫細胞による攻撃を逃れることが分かった。